Jagiellonian Üniversitesi en başından beri uluslararası bir kurum olmuştur. Polonyalılar, Ruthenliler, Litvanyalılar, Macarlar, Almanlar, Çekler, İsviçreliler, İngilizler, Hollandalılar, Fransızlar İspanyollar, İtalyanlar ve hatta Tatarlar eski günlerden, günümüze kadar burada eğitim almışlardır.

Üniversitenin daha da geliştirilmesi, Polonya'nın çalkantılı ve trajik tarihi ile ayrılmaz bir şekilde bağlantılıydı. Kurum, Polonya'nın Rusya, Prusya ve Avusturya tarafından bölünmesinden ve iki Dünya Savaşından kurtulmayı başardı, Polonya kültürünün ve kimliğinin koruyucusu olarak hizmet etti ve polonyalıların ardışık nesillerini ve diğer ulusların üyelerini eğitti ve Avrupa'nın entelektüel mirasına önemli ölçüde katkıda bulundu.

Bugün, Jagiellonian Üniversitesi, yaklaşık 4 bin akademik personelin araştırma yaptığı ve 80'den fazla farklı çalışma alanı çerçevesinde 40 binden fazla öğrenciye eğitim verdiği 16 Fakülteden oluşmaktadır. Seçkin araştırmacılar ve son teknoloji ürünü altyapı, JU'yu dünyanın dört bir yanından gelen büyük akademik merkezlerle işbirliği yapan önde gelen Polonyalı bilim kurumlarından biri haline getiriyor. Jagiellonian Üniversitesi, genç araştırmacıların akademik çıkarlarını takip ettikleri ve tutkularını paylaşan insanlarla dostluklar geliştirdikleri yaklaşık 150 öğrenci topluluğuna da ev sahipliği yapmaktadır.

Jagiellonian Üniversitesi tarafından yürütülen en eşsiz büyük ölçekli projeler arasında Jagiellonian Deneysel Terapötikler Merkezi, Małopolska Biyoteknoloji Merkezi, Sağlık için Moleküler Biyoteknoloji, OMICRON ve Senkrotron Radyasyon Merkezi "Solaris" bulunmaktadır.